La solution neutre de lipopolysaccharide peut être conservée à température ambiante pendant plusieurs mois et son activité biologique ne change pas de manière significative. S'il est stocké à 4°C ou dans un réfrigérateur à basse température, son activité biologique peut rester inchangée pendant plusieurs années à plusieurs décennies. La poudre sèche neutre de lipopolysaccharide peut être conservée à température ambiante ou au réfrigérateur pendant des décennies ou plus sans perdre son activité biologique.

Lorsque le lipopolysaccharide est placé dans une solution acide à température ambiante, ses molécules subissent une dégradation partielle. Ce changement implique principalement le clivage des liaisons glycosidiques entre le polysaccharide et le lipide A, et le clivage des liaisons lipide A1-glucoside. Le chauffage peut favoriser cette réaction. Une solution acide forte peut détruire complètement le lipopolysaccharide dans des conditions de chauffage.

Les facteurs alcalins ont une grande influence sur les molécules de lipopolysaccharides, principalement sur les molécules de lipide A. À ce stade, la liaison ester 4-phosphate sur le squelette du lipide A et la liaison ester d'acide gras sur les positions 3 et 3 sont faciles à détruire, ce qui peut entraîner la scission de la molécule. A ce moment, les molécules dégradées perdent leur activité d'endotoxine typique. Les lipopolysaccharides peuvent être complètement détruits dans des conditions fortement alcalines.